承接第四集的劇情發展，因總統行駛鬼影約章，職業特工隊面臨解散。亨特大權旁落，整隊人孤立無援之際，亨特更發現一個連中情局亦沒有任何資料的神秘組織，正在暗中運作，並密謀取代職業特工隊。這個「組織」的隊員，全都受過嚴格訓練，奉命執行連串恐怖襲擊，不惜玉石俱焚意圖改變世界秩序。伊頓發現事態並不尋常，於是召集隊員執行一次可能是職業特工隊消失前的最後任務：調查「組織」的來龍去脈並將他們瓦解。