故事講述未來科技進步，人體的大部分可換成生化軀體，而且人類意識可進入數碼網絡之中，以致許多新形態犯罪事件出現；於是精英部隊「公安九課」成立，並由生化人「少佐」草薙素子領導，致力打擊這類危險的犯罪行為及極端份子。而「公安九課」正面臨一個強大的黑客敵人，他試圖以高超的數碼技術來控制甚至殲滅他們。