涼宮春日的消失

因為覺得世界太無聊，所以美少女涼宮春日在學校成立了「SOS 團」，目的是要找到外星人、未來人、超能力者，然後跟他們一起玩耍！這個古怪的社團成員包括：長門有希（外星人）、朝比奈實玖瑠（未來人）、古泉一樹（超能力者）及阿虛（正常人）。雖然涼宮並不知情，但阿虛卻早已知道這三種人一直就在她身邊，並不斷引發出令人意想不到的超現實事件⋯聖誕節即將來臨，SOS 團火鍋派對的活動拍板以後，阿虛就帶著煩惱回家。第二天上學時，阿虛很快注意到，學校好像與平日完全不同。平時坐在阿虛後面的涼宮春日，今天竟變成了已被長門有希消滅的殺手朝倉涼子！？雖然阿虛經常抱怨涼宮春日及那些超現實事件常為他帶來麻煩，但面對再沒有涼宮春日，沒有SOS 團及沒有那些麻煩事件的普通世界，阿虛卻又渾身不自在，開始懷念起以前的不平凡日子！但要如何才能令世界變回以前的模樣？